A lo largo de los años, este inmueble histórico ha tenido diversos usos: sirvió como camposanto, cuartel militar y, tras una renovación, como la Penitenciaría del Estado. El diseño final de este proyecto estuvo a cargo de José Manzo, bajo la dirección de Eduardo Tamariz. Actualmente, el edificio alberga el Archivo General del Estado y el Instituto Cultural Poblano.
En 1800, se empezó a planear convertir este hermoso edificio en una prisión, para su diseño, se tomó como referencia el sistema penitenciario de Estados Unidos, especialmente la cárcel de Cincinnati. Se optó por un plan en forma de panóptico, de tipo octagonal, para que desde cualquier punto se pudiera tener una visión panorámica del interior y facilitar la vigilancia.
Es importante destacar que el mérito inicial de esta obra corresponde al general Felipe Codallos, gobernador de Puebla entre 1837 y 1841. Él colocó la primera piedra de la nueva penitenciaría en diciembre de 1840. La construcción avanzó notablemente hasta 1847, cuando la intervención de Estados Unidos interrumpió las obras. En 1849, los trabajos se reanudaron, pero nuevamente fueron detenidos, esta vez por la intervención francesa.
Fue fuerte de Iturbide
Durante esa etapa, la antigua penitenciaría se convirtió en el Fuerte de Iturbide, un cuartel militar para la defensa de la ciudad. Los bombardeos y un sismo en 1864 la dejaron casi destruida. Sin embargo, en 1879, un grupo de poblanos se unió para continuar y concluir la obra.
Finalmente, en 1891, el presidente Porfirio Díaz inauguró la Penitenciaría de Puebla, que en su tiempo fue la más moderna de Latinoamérica. Un par de años después, en su interior se creó un laboratorio criminalística y un museo craneológico, donde los presos que morían y no eran reclamados donaban sus cráneos.
La penitenciaría cerró sus puertas en 1984. Sin aviso previo, en una noche de marzo, los más de 900 reos que allí habitaban fueron trasladados al Cereso de San Miguel.
Este bello edificio en 1985, pasó a ser el Instituto Cultural Poblano y, actualmente, alberga el Archivo General del Estado y el CIS.